Zwiedzanie muzeum rozpoczyna się na drugim piętrze budynku od wystawy Krajobraz kulturowy Górnych Prus. Kurhany gdzie prezentowane są zabytki archeologiczne związane z kurhanami licznie występującymi na terenie Górnych Prus. Na kolejnej wystawie Przestrzeń Morąga i okolic prezentujemy zdjęcia, widokówki, mapy, dokumenty rodowe i historyczne związane z Prusami Górnymi. W sąsiadującej sali mieści się ekspozycja dotycząca historii pałacu Dohnów w Morągu, która została przedstawiona na planszach z wykorzystaniem zdigitalizowanych fotografii, planów, grafików. W największej sali drugiego piętra prezentowana jest ekspozycja Luterańskie epitafia i portrety upamiętniające, na której zobaczymy epitafia - jeden z najbardziej charakterystycznych elementów protestanckiej sztuki sakralnej. Wśród portretowanych znajdują się przedstawiciele szlachty pruskiej i lokalni duchowni kościoła ewangelickiego. Na szczególną uwagę zasługuje epitafium Piotra i Katarzyny zu Dohna, które pierwotnie znajdowało się w kościele w Morągu.