W 1697 roku wielki pożar strawił sporą część starej zabytkowej zabudowy Morąga. Ucierpiał także pałac Dohnów wraz z bogatymi wnętrzami i rodowym archiwum, który przez następne lata pozostawał w ruinie. W latach 1717–1719, na zlecenie rodu, został odbudowany i przebudowany na bardziej reprezentacyjną pałacową rezydencję przez pruskiego architekta Johanna Caspara Hindersina (1677-1738). Powstały budynek barokowy, założony został na planie nieco bardziej otwartej podkowy z nieregularnym dziedzińcem i dwoma pawilonami flankującymi bramę, która do kompleksu dobudowana została w 1731 roku. Ponadto na przypałacowym dziedzińcu w 1741 roku ustawiono kompleks zegarów słonecznych o nieznanym dzisiaj przeznaczeniu.
Podczas II wojny światowej pałac został poważnie zniszczony przez armię radziecką w czasie ofensywy w Prusach Wschodnich w początkach 1945 roku. Dopiero w latach 1975–1985, dzięki zaangażowaniu Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Olsztynie, został odbudowany i przebudowany z przeznaczeniem na pomieszczenia kulturalne. Od 1986 roku pałac jest własnością Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie, które posiada tu swój oddział o nazwie Muzeum Prus Górnych w Morągu do 2024 roku jako Muzeum im. J. G. Herdera w Morągu.