W zależności od celu prowadzonej hodowli krzyżowanie dzieli się na: krzyżowanie proste – krzyżowanie dwóch osobników rodzicielskich AA x BB krzyżowanie wielokrotne – kojarzenie krzyżowki (mieszańca) powstałej w wyniku krzyżowania prostego z innym osobnikiem posiadającym znane i pożądane cechy (AA x BB) x CC krzyżowanie zwrotne – AA x BB i BB x AA krzyżowanie wsteczne – (AA x BB) x AA – zwiększające liczbę genów odmiany AA w potomstwie
Krzyżowanie w hodowli roślin Krzyżowanie stanowi najskuteczniejszą metodę rozszerzenia zakresu zmienności genetycznej, co jest podstawą skuteczności selekcji w uzyskaniu postępu hodowlanego. Skrzyżowanie dwóch odmian o wąskim zakresie zmienności danej cechy może prowadzić do wystąpienia potomstwa o znacznie przekroczonym zakresie zmienności obojga rodziców (tzw. transgresja). Ponadto krzyżowanie umożliwia uzyskiwanie pożądanych rekombinantów (hodowla rekombinacyjna), np. dziedziczenie żółtego/zielonego zabarwienia i pomarszczonej/gładkej powierzchni nasion grochu zgodnie z genetyką mendlowską. W hodowli heterozyjnej skrzyżowanie wysoce homozygotycznych rodziców uzyskanych przez samozapylanie (co u roślin obcopylnych prowadzi do depresji wsobnej) może spowodować znaczny wzrost bujności, wigoru i plenności w pokoleniu F1.