Głównym zadaniem Polaków była ochrona dowództw AFOR-u oraz sił zadaniowych, którym podporządkowana była PJW (kolejno: holenderskie Romeo, belgijskie Bravo i włoskie North) było patrolowanie wyznaczonym plutonem granicy albańsko-kosowskiej oraz zabezpieczenie konwojów z zaopatrzeniem i baz logistycznych. Działania początkowo utrudniały trudne warunki – baza kompanii znajdowała się na terenie albańsko-polskiej stoczni nieprzystosowanej do warunków wojskowych (o lokalizacji zadecydowała łatwość w odbieraniu w stoczni przewożonej statkami pomocy humanitarnej), zaś żołnierze byli niedostatecznie uzbrojeni (najsilniejszą bronią były kaemy i Honkery), a nawet umundurowani (ubiory były niedostosowane bałkańskich upałów) – co jednak nie przeszkodziło w wypełnieniu misji.
Początkowo PJW AFOR planowano wycofać do 31 grudnia, jednak wcześniejszy sukces misji oraz utworzenie sił KFOR (do którego skierowano 18 Bielski Batalion Desantowo-Szturmowy – Polską Jednostkę Wojskową odwodu strategicznego SACEUR) spowodowały przesunięcie powrotu kompanii do 31 października. 1 września PJW oficjalnie zakończyła służbę, 3 października wycofano 70 podhalańczyków, a resztę dzień później.