Realizowane w sanktuarium cele mają charakter religijny, formacyjny, społeczny, poznawczy, edukacyjny i kulturalny.
Uroczystości W sanktuarium odbywają się cykliczne uroczystości związane z martyrologią oraz świętami kościelnymi: apel poległych (organizowany od 1945 r.), Droga krzyżowa (pierwsza niedziela po Dniu Zadusznym, organizowana od 1945 r., w latach stalinowskich potajemnie), Misterium męki Pańskiej w Bydgoszczy (Niedziela Palmowa),
Spośród wydarzeń okolicznościowych na wspomnienie zasługuje konsekracja biskupia przeprowadzona 30 kwietnia 2009. Wtedy właśnie w Sanktuarium sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej kard. Tarcisio Bertone w obecności licznych biskupów z Polski, Litwy oraz Włoch udzielił święceń biskupich ks. prał. Janowi Pawłowskiemu, nowemu nuncjuszowi w Republice Konga (Brazzaville) i w Gabonie.