Podczas trzęsienia ziemi w 1906 r. miasto nie ucierpiało tak poważnie, jak pobliskie San Francisco, poniosło jednak pewne straty. Powyżej 100 osób zginęło w szpitalu Agnews po tym, jak zawalił się dach i ściany budynkuAgnews Insane Asylum, Santa Clara County, California – National Register of Historic Places Travel Itinerary.. Podczas II wojny światowej, wielu Japończyków zamieszkujących San Jose zostało internowanych i przymusowo umieszczonych w specjalnych obozach. W 1943 antymeksykańskie zamieszki miały także miejsce w San Jose.
W związku z rozpoczęciem działań wojennych gospodarka miasta zaczęła przestawiać się z rolniczej na przemysłową. Departament Wojny zlecił przedsiębiorstwu Food Machinery Corporation produkcję tysiąca gąsienicowych pojazdów amfibijnych typu LVT, które były budowane w fabryce przedsiębiorstwa niedaleko San JoseError 301 – This Site Has Moved.. Po wojnie przedsiębiorstwo zmieniło firmę na United Defense (obecnie BAE Systems), a jej filia w Santa Clara pozostawała dostawcą sprzętu wojskowego produkując między innymi: M113 Armored Personnel Carrier i Bradley Fighting Vehicle. W 1943 IBM otworzył tu swoją centralę na zachodnie wybrzeże USA, a w 1952 centrum badawczo-rozwojowe.