Jego głównym zadaniem, które przyniosło mu sukcesy, było umieszczenie swoich agentów w administracji kanclerza Republiki Federalnej Niemiec Willy’ego Brandta. Kiedy w 1974 sekretarz kanclerza Günter Guillaume, został zdemaskowany jako wschodnioniemiecki kret, Brandt zmuszony był podać się do dymisji. Generał Markus Wolf miał duży udział w uwolnieniu w 1985 kapitana SB Mariana Zacharskiego. Z racji sprawowanych funkcji był „skoszarowany” w partyjno-rządowym osiedlu kierownictwa NRD wokół Majakowskiring w Berlinie-Pankow.
W 1987 Markus Wolf przeszedł na emeryturę z powodu złego stanu zdrowia. Zajął się pisaniem książki o swym dorastaniu w Moskwie w latach 30. XX wieku.
Po zjednoczeniu Niemiec w 1990, razem z kilkoma innymi wysokimi funkcjonariuszami wschodnioniemieckiego wywiadu, został postawiony przed sądem. W 1993 uznano go winnym działalności szpiegowskiej przeciwko RFN i skazano na sześć lat więzienia. Jednakże Trybunał Konstytucyjny zjednoczonych Niemiec orzekł 23 maja 1995, że byłe kierownictwo Stasi nie może być sądzone za nadzorowanie działalności szpiegowskiej przeciwko Zachodowi w okresie zimnej wojny. Orzeczenie przyjęte stosunkiem głosów 5:3, praktycznie udzieliło amnestii Wolfowi oraz innym funkcjonariuszom wywiadu zagranicznego, którzy wykradali tajemnice Zachodu.