Eli Lilly and Company była jedną z pierwszych nowoczesnych firm z branży farmaceutycznej: posiadała własną jednostkę badawczą i wprowadziła liczne środki kontroli jakości. Firma ta prowadzi działalność na terenie Polski od 1976 roku.
Działalność społeczna Dzięki bogactwu Lilly mógł zaangażować się w działalność filantropijną i społeczną, w którym to celu w 1890 przekazał kierownictwo nad spółką swojemu synowi. Pomógł przy organizacji Izby Handlowej Indianapolis, patronował filii Charity Organization Society (Towarzystwo Organizacji Dobroczynności) w stanie Indiana i przekazał osobiste fundusze na stworzenie miejskiego szpitala dziecięcego, przekształconego później przez władze stanowe w Riley Children's Hospital. Brał czynny udział w wielu organizacjach, aż do śmierci z powodu raka w 1898 roku.
Lilly opowiadał się za wprowadzeniem rządowych regulacji nad przemysłem farmaceutycznym; wiele z jego propozycji zostało włączonych do ustawy z 1906, powołującej do życia amerykańską Agencję Żywności i Leków. Był też jednym z pomysłodawców idei recept lekarskich, promując praktykę udostępniania środków uzależniających lub niebezpiecznych wyłącznie po konsultacji lekarskiej.