w 1937 na świat przyszła Élisabeth. Irène wystąpiła z prośbą o nadanie obywatelstwa francuskiego, ale dostała odpowiedź odmowną. W 1939 wraz z córkami przyjęła chrzest. Tuż przed wybuchem wojny Epsteinowie wywieźli dzieci do Issy-l’Évêque, rodzinnego miasteczka ich niani. Zarządzenie w sprawie Żydów z 1940 pozbawiło pracy Michela Epsteina, a Irène Némirovsky uniemożliwiło publikowanie. Obydwoje przenieśli się do Issy-l’Évêque. Pisarka zmuszona była publikować opowiadania pod pseudonimami i nosić żółtą gwiazdę. To wówczas, podczas pobytu w Issy-l’Évêque, Némirovsky rozpoczęła pracę nad Francuską suitą – pięciotomową powieścią, opowiadająca o niemieckiej okupacji Francji. Ukończyła tylko dwie jej części: Czerwcową burzę i Dolce, wydane dopiero w 2004 roku.
Została aresztowana 13 lipca 1942 i umieszczona w obozie w Pithiviers. Po kilku dniach przewieziono ją do Auschwitz, gdzie 17 sierpnia zmarła – według oficjalnej wersji na tyfus. W październiku 1942 aresztowano jej męża i także wywieziono do Auschwitz, gdzie został zagazowany. Ich dwie córki, poszukiwane przez francuskich żandarmów, ukrywały się w różnych miejscach. W rzeczach, które woziły ze sobą, znajdował się rękopis Francuskiej suity. Obie przeżyły wojnę, ale książka ich matki przez lata pozostawała niewydana.