Do 2022 roku Wydawnictwo otrzymało ponad 140 nagród i wyróżnień, m.in. na Targach Książki w Warszawie, na Targach Książki Historycznej (Nagroda Klio), na Międzynarodowych Targach Książki w Krakowie (Nagroda im. Jana Długosza, Nagroda Gaudeamus), na Wrocławskich Targach Książki Naukowej, Nagrodę Stowarzyszenia Wydawców Szkół Wyższych im. ks. Edwarda Pudełko za najlepszy podręcznik akademicki, Nagrodę Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej, Nagrodę im. prof. Jerzego Skowronka, Nagrodę Feniks, Nagrodę im. prof. Tadeusza Kotarbińskiego.
Wydawnictwo Naukowe UAM otrzymało w 2009 roku Nagrodę Główną – Puchar Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za najlepszą książkę akademicką (Krzysztof Kurek, Teatr i miasto. Historia sceny polskiej w Poznaniu w latach 1782–1849), w roku 2011 Nagrodę Główną – Puchar Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego w Konkursie na Najlepszy Podręcznik i Skrypt Akademicki (Alojzy Woś, Klimat Polski w drugiej połowie XX wieku), w 2014 Nagrodę Główną – Puchar Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego w Konkursie na Najlepszą Książkę Akademicką (Henryk Samsonowicz, Studia z dziejów miast w średniowieczu), w 2015 – Nagrodę Targów Książki w Krakowie (opracowanie krytyczne prof. Jacka Brzozowskiego i prof. Zbigniewa Przychodniaka, Beniowski.