21 stycznia 1931 przeszedł w stan spoczynku.
W latach 1930–1935 był dyrektorem Pomorskiego Stowarzyszenia Ogniowego. Pracował w Pomorskim Stowarzyszeniu Ubezpieczeń w Toruniu, od 1936 był dyrektorem Zakładu Ubezpieczeń Wzajemnych w Bydgoszczy.
Ze względu na wiek nie był we wrześniu 1939 r. zmobilizowany. Do konspiracji zwerbował go Franciszek Rochowiak w 1941 r. Lipski objął funkcję naczelnika Wydziału Bezpieczeństwa i Porządku Publicznego Oddziału Delegatury Rządu na obszar Pomorza i Prus Wschodnich. Działał energicznie i z zapałem, werbując ponad 3 tysiące współpracowników, ściśle współdziałał z Komendą Pomorskiego Okręgu AK. Lata okupacji spędził w Bydgoszczy, od 1943 r. ukrywając się. Był nieprzejednanym przeciwnikiem ustępstw wobec okupanta, nawet w imię „wyższych racji" i przetrwania (chodziło głównie o wpisy na listę narodowościową).
Natychmiast po wyzwoleniu kontynuował działalność konspiracyjną, wiążąc się z organizacją „Nie", prowadząc wywiad polityczny i przenikając do struktur WBP. Aresztowany w maju 1945 przewieziony został do osławionego więzienia X Departamentu na warszawskim Mokotowie. Tam zmarł w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach 27 czerwca 1945 r.