Potem Neubert brał udział w kampaniach przeciw Francji i Anglii w 1940 roku. Wiosną 1941 wyróżnił się bohaterstwem podczas ataku stukasów na przełęcz Rupel w Jugosławii, a także podczas akcji przeciw brytyjskim i greckim okrętom w pobliżu Pireusu i Zatoki Korynckiej. Za zatopienie zbiornikowca otrzymał Krzyż Żelazny. Jesienią 1942 wysłano go na front wschodni, gdzie pilotował samolot Henschel Hs 129. W dniu 30 stycznia 1943 roku został poważnie ranny w maszynie trafionej przez radziecką artylerię. Pod koniec wojny był jednym z najbardziej cenionych pilotów szturmowych Luftwaffe: w sumie wykonał ok. 350 lotów bojowych z czego ok. 230 na samolocie Ju-87.
Pod koniec życia nawiązał kontakt (najpierw listowny, później osobisty) z Władysławem Gnysiem, pilotem P.11c, z którym starł się w boju 1 września 1939 roku nad Balicami. Napisał: „Wtedy była wojna, ale dziś mamy pokój. Pomyślałem nieśmiało, że może chciałby się pan spotkać”, aczkolwiek przez wiele lat nie miał odwagi wysłać listu. Dopiero choroba serca zmobilizowała Neuberta do działania, a pierwsze spotkanie pilotów miało miejsce dokładnie w 50. rocznicę boju, w prywatnej posiadłości Gnysia w Beamsville (Kanada).
Miał córkę Petrę Schultz i syna Ingo Neuberta.