Na podstawie zachowanej u Amoniusza, listy dziesięciu wstępnych tematów Proklosa przewidzianych dla osób rozpoczynających studiowanie Arystotelesa, wiadomo, że studia nad Arystotelesem rozpoczynały się w szkole Amoniusza od logiki, a następnie zwracały się do etyki, fizyki, matematyki i teologii. Wykłady trwały najprawdopodobniej około godziny. Ślady podziału wykładów na mniej więcej godzinne jednostki zachowały się w komentarzach Amoniusza. W komentarzach swoich Amoniusz przechodzi od wykładu doktryny do analizy językowej. Obszerne notatki sporządzane przez uczniów Amoniusza były następnie publikowane pod jego lub ich imionami.
W komentarzu do Gorgiasza Eliasz twierdzi, odnosząc to do Amoniusza, że interpretator Arystotelesa powinien być znawcą jego pism i umieć je objaśniać, oddzielając jednocześnie prawdę od fałszu. Nie powinien twierdzić, że jego mistrz zawsze ma rację, lecz zawsze wyżej cenić prawdę niż człowieka. Na podstawie pism Arystotelesa powinien umieć wykazać, że jego poglądy nie zawierają sprzeczności, tak jak nie zawierają jej poglądy Platona. Nadto powinien umieć poprzez prace Arystotelesa wprowadzić w naukę Platona.