na dokumencie z 1338 roku figuruje m.in. podpis Piotra ze Słupi (Petrus de Slupi), kasztelana zamku szaflarskiego.
W 1380 roku, za panowania Ludwika Węgierskiego, opat klasztoru cystersów w Szczyrzycu wydzierżawił zamek w Szaflarach Żydowi nawróconemu na chrześcijaństwo, który założył w nim mennicę bijącą fałszywe monety. Ludwik Węgierski położył kres temu procederowi; na jego rozkaz zamek został zdobyty i zniszczony przez starostę krakowskiego Sędziwoja z Szubina. W tym samym roku Szaflary włączono do dóbr królewskich. Trzecia fazy rozbudowy zamku miała miejsce w latach 1470-1480. Wtedy w 1474 roku, za panowania Kazimierza Jagiellończyka, zamek został oddany w dzierżawę Piotrowi Komorowskiemu herbu Korczak, któremu w 1477 roku odebrano mu go za sprzyjanie królowi węgierskiemu Maciejowi Korwinowi. W tym samym roku został opanowany przez wojska królewskie pod dowództwem starosty krakowskiego Jakuba z Dębna, po czym Kazimierz Jagiellończyk przekazał zamek Markowi Ratoldowi, który miał na nim zapisaną od króla należność pieniężną. W tym okresie w dokumentach źródłowych pojawia się nazwa „fortalicja Szaflary” (łac.