Do 1992 był zastępcą przewodniczącego Rady Najwyższej, przekształconej w Sejm Republiki Litewskiej. Doprowadził do powołania na bazie Komunistycznej Partii Litwy nowej formacji pod nazwą Litewska Demokratyczna Partia Pracy. Współpracował z rządem Kazimiery Prunskienė, reprezentując postawę zachowawczą w opozycji do głównego nurtu Sąjūdisu, związanego z Vytautasem Landsbergisem.
W 1992 poprowadził postkomunistów do zwycięstwa w wyborach parlamentarnych. Jako nowy marszałek Sejmu stał się jednocześnie głową państwa. W 1993 wygrał pierwsze po odzyskaniu niepodległości wybory prezydenckie, pokonując w nich wspieranego przez opozycję ambasadora w USA Stasysa Lozoraitisa. Oba te sukcesy tłumaczono m.in. kryzysem ekonomicznym i rozczarowaniem rządami niepodległościowego Sąjūdisu, a wygraną w 1993 także rozpoznawalnością Algirdasa Brazauskasa. Urząd prezydenta sprawował do 1998, nie ubiegając się o reelekcję.
W 2000 sygnował swoim nazwiskiem koalicję socjaldemokratyczną, skupiającą Litewską Demokratyczną Partię Pracy, Litewską Partię Socjaldemokratyczną i dwa mniejsze ugrupowania, samemu nie kandydując jednocześnie do parlamentu.