Kres świetności dla Nekli nadszedł wraz z II rozbiorem Polski w 1793. Gmina została włączona do zaboru pruskiego, a Nekla straciła prawa miejskie. W 1831 wieś i okolice nawiedziła epidemia cholery. Śmierć zebrała obfity plon. Pozostali przy życiu mieszkańcy ślubowali wówczas coroczne pielgrzymki do Grodziszczka. Tradycja ta zachowała się do dzisiaj.
W 1845 zbudowano szosę z Poznania do Strzałkowa przez Neklę, a pod koniec wieku wieś znalazła się na trasie linii kolejowej z Poznania do Strzałkowa, z przystankiem Nekla. Jedno z podań głosi, że stacja kolejowa jest tak daleko od Nekli, gdyż hrabina Żółtowska, właścicielka wsi nie chciała, aby budził ją głos przejeżdżających pociągów.
W dziejach gminy Nekla zapisało się wielu wybitnych Wielkopolan. Z wsią Mystki związany był Karol Karśnicki (1806-1870), uczestnik spisku podchorążych w powstaniu listopadowym, prezes Wydziału Przyrodniczego Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk (1860-1862). W Targowej Górce mieszkał Antoni Amilkar Kosiński.