Już 16 września 1939 r. okupanci przystąpili do kopania masowych grobów i odkrzewiania terenu. Pracę tę wykonywało pod nadzorem Niemców trzydziestu dwóch spędzonych ze Starogardu Polaków. Pracowali oni bez przerwy do 18 listopada, początkowo po osiem godzin, pod koniec października po dziewięć. W połowie listopada, kiedy dzień był najkrótszy, robotnicy musieli pracować aż do nocy. Miejsce egzekucji zostało otoczone posterunkami policji i Selbstschutzu, a miejscowej ludności zabroniono pod karą śmierci wchodzenia na teren lasu.
Do pierwszego masowego mordu w Lesie Szpęgawskim doszło 22 września 1939 r. Tego dnia zamordowano tam 88 pacjentów szpitala psychiatrycznego w Kocborowie. Niektórych ciężko chorych pielęgniarze usypiali w samochodach zastrzykami z morfiny, a następnie wrzucali do wcześniej przygotowanych grobów. Z kolei ofiary przywiezione do lasu zazwyczaj same musiały kopać sobie groby – jedynie pacjentów w ciężkim stanie wyłączono z tej pracy. Zazwyczaj chorych zabijano strzałami w tył głowy. Podczas procesu Kurta Eimanna, który toczył się w Hamburgu w 1968 r.