Do szybkiej odbudowy przyczynił się nowy akt wydany przez księcia Bolesława V Wstydliwego, który poszerzył zakres swobód i przywilejów dla klasztorów. Dzięki wytężonej pracy zakonników opactwo powróciło do dawnej świetności. 3 maja 1454 roku staraniem cystersów Wąchock otrzymał prawa miejskie. Dużą rolę odgrywali cystersi w dziedzinie gospodarczej. Zakonnicy zajmowali się hodowlą, młynarstwem, tkactwem, a także górnictwem i hutnictwem. Miało to podnieść dochody opactwa. W 1656 roku wojska księcia siedmiogrodzkiego Jerzego II Rakoczego sprzymierzone z Karolem Gustawem zrabowały i spustoszyły miasto. W pożarze klasztoru uległo zniszczeniu bogate archiwum opactwa, skarbiec i wiele cennych zabytków. W drugiej połowie XVIII wieku wyremontowano wnętrze kościoła i położono nową polichromię. W tym czasie rządy nad klasztorem wąchockim sprawowali opaci komendatoryjni. W XIX wieku nastąpił w Polsce upadek zakonu cystersów na skutek kasacji dokonanej przez cara Aleksandra I. W 1819 roku rozwiązano również zakon w Wąchocku. Cystersi powrócili do Wąchocka dopiero w 1951 roku.