Jednocześnie uzupełniała własne wykształcenie; odbyła kursy księgowości, prawa handlowego i pedagogiki, a po ukończeniu Gimnazjum Zgromadzenia Sióstr Felicjanek w Detroit, afiliowanego przy University of Ann Arbor i Catholic University of America w Waszyngtonie, w czerwcu 1922 uzyskała amerykańską maturę.
We wrześniu 1922 powróciła do Polski. Podjęła studia na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, a w 1923 w Państwowym Gimnazjum Żeńskim w Krakowie zdała egzaminy uzupełniające maturę zagraniczną. 14 lipca 1923 złożyła w Krakowie zakonne śluby wieczyste. Studia łączyła z pracą nauczycielki w Seminarium Nauczycielskim w Wawrze koło Warszawy. W grudniu 1928 i w lutym 1929 zdała wymagane egzaminy i 6 lutego 1929 wypromowana została na doktora filozofii w zakresie botaniki. Promotorem jej pracy doktorskiej O restytucjach pędowych na izolowanych liścieniach dyni, ogórka i łubinu był profesor Michał Marian Siedlecki. Siostra Fuja była pierwszą zakonnicą, która uzyskała dyplom doktorski na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1933 zdała ostatnie egzaminy przed Państwową Komisją Egzaminacyjną dla Kandydatów na Nauczycieli Szkół Średnich w Krakowie i 15 marca tegoż roku uzyskała uprawnienia nauczyciela biologii i języka angielskiego na poziomie szkół średnich.