Diecezję tarnowską utworzono na mocy dekretu cesarza Józefa II w 1783 r.; w 1805 r. została zniesiona, a miasto weszło w skład diecezji przemyskiej. Pilzno stało się wówczas siedzibą oficjałatu, obejmującego dziesięć dekanatów: Pilzno, Mielec, Ropczyce, Jasło, Strzyżów, Krosno, Żmigród oraz Biecz. W 1821 r. parafia św. Jana Chrzciciela weszła w skład diecezji tynieckiej, a następnie, w 1825 r., diecezji tarnowskiej. Mimo tego katedra tarnowska podlegała pod dekanat pilźnieński jeszcze do 30 czerwca 1841 r.
W 1877 r. świątynia ponownie ucierpiała w kolejnym pożarze miasta – spłonął dach nad nawą oraz hełm na wieży, a także stopił się dzwon kościelny. Kierownikiem prac naprawczych był proboszcz, ks. Ignacy Wieniawa-Długoszowski – to on zainicjował zmianę kształtu hełmu, który w XIX w. był kopulasty.
Podczas pierwszej i drugiej wojny światowej kościół nie doznał poważnych zniszczeń. W 1946 r. wymieniono uszkodzone witraże oraz zmieniono pokrycie dachu z blachy na dachówkę. Prace nadzorował proboszcz ks. Józef Midura. Tuż po objęciu probostwa przez Juliana Galasa, w 1972 r. rozpoczęto remont, podczas którego odnowiono dachy (pokryto je miedzianą blachą) oraz więźbę dachową nad nawą i wieżą. Konserwacji poddano także mury, polichromie i ołtarze.