W skład samej parafii wchodziło miasto wraz z przedmieściami oraz wsie: Strzegocice, Bielowy, Słotowa, Lipiny, Pilźnionek, Dzwonowa, Kozia Wola i Wola Lipińska.
Pilzno było często nawiedzane przez pożary: wybuchały one w mieście w latach 1400, 1474, 1536 i 1550. W 1474 r. całe miasto spaliły wojska węgierskie. Sama budowla najprawdopodobniej nie została poważnie uszkodzona, rok później została ponownie oddana do użytku. Na przełomie XV i XVI w. kościół był poddawany remontom oraz rozbudowie. Dobudowano wówczas wieżę (której szerokość wyznaczyły przypory nawy głównej, czytelne w wątku murów), zakrystię, którą dostawiono północnej ściany prezbiterium, nawy boczne oraz znajdującą się w południowo-zachodnim narożu kaplicę. Budowla stała się wówczas trzynawową bazyliką. Po pożarze z 1536 r. mieszkańcom zabrakło pieniędzy na odbudowę, w związku z czym biskup przemyski Jan Dziaduski ogłosił na ten cel składkę. Prace trwały od 1550 r. do 1600 r., do ich realizacji zaangażowano Jeremiasza Kwajera, muratora przybyłego z Wrocławia, autora wieży ratusza w Bieczu, a po nim nieznanego budowniczego.