Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje rybitwę czarną za gatunek najmniejszej troski (LC – least concern) nieprzerwanie od 1988 roku. Liczebność światowej populacji, według szacunków organizacji Wetlands International z 2015 roku, mieści się w przedziale 800 000 – 1 750 000 osobników. Ogólny trend liczebności populacji uznawany jest za spadkowy.
W Polsce jest objęta ścisłą ochroną gatunkową oraz wymagająca ochrony czynnej, dodatkowo obowiązuje zakaz fotografowania, filmowania lub obserwacji, mogących powodować płoszenie lub niepokojenieRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. W latach 2013–2018 liczebność rybitwy czarnej na terenie kraju szacowano na 2000–3000 par lęgowych. Jej liczebność spada w średnim tempie około 6% rocznie. Na Czerwonej liście ptaków Polski sklasyfikowana została jako gatunek narażony (VU).