Skład odjechał do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, gdzie 535 kobierzyńskich pacjentów zostało zamordowanych w komorze nr 1 KL Auschwitz II (Birkenau).
Po zakończeniu wojny szpital przekształcono na oddział szpitala psychiatrycznego z Kobierzyna. W marcu 1950 r. upaństwowiono gospodarstwo konwentu oraz aptekę, które wróciło do Bonifratrów po przemianach polityczno-gospodarczych w Polsce. W 1981 r. po podpisaniu umowy z Zarządem Głównym Caritasu utworzono Dom Pomocy Społecznej dla Dorosłych. Obecnie mieści się tu całodobowy dom opieki społecznej, który podlega nadzorowi Powiatowego Centrum Pomocy Rodzinie i Starostwa Powiatowego w WadowicachBonifratrzy.pl.. Prowadzone są w nim warsztaty terapii zajęciowej, opieka psychologiczna i duszpasterska.
Architektura Dwukondygnacyjny, murowany, budynek składający się z dwóch, przypominający kształtem literę T częściNasza Kalwaria.. Część starsza kwadratowa (z 1599 r. – pozostałość po dworze obronnym), stanowiąca trzon budowli, zakończona dwoma niskimi ryzalitami w formie baszt alkierzowych, podwyższonych po 1910 roku, z dostawionego do niego od strony południowej skrzydłem na planie prostokąta, z półkolistą absydą oraz mieszczącą klatkę schodową, kwadratową, czterokondygnacyjną wieżą zegarową od południa.