Pomimo opresji ze strony nazistów i próśb bojących się o jego życie przyjaciół otwarcie występował przeciwko reżimowi. Wiosną 1937 rozpoczął procedurę wykluczenia z Kościoła zborowników, którzy wskutek swej przynależności do NSDAP zachowywali się w sposób niezgodny z dyscypliną kościelną. Z tego powodu został uwięziony na dwa miesiące w więzieniu w Koblencji. Następnie został uwolniony, jednak zakazano mu wracać do Nadrenii, gdzie mieściła się jego parafia. Schneider wiedział, że złamanie zakazu skończy się zamknięciem w obozie koncentracyjnym.
Schneider spędził kilka miesięcy z żoną, kilkoma członkami rodziny i przyjaciółmi w Baden-Baden i Eschbach. Następnie wrócił do domu na Dziękczynne Święto Żniw, 3 października 1937. Odprawił nabożeństwo w Dickenschied, jednak aresztowano go, gdy jechał odprawić wieczorne nabożeństwo w Womrath.
27 listopada 1937 został uwięziony w obozie koncentracyjnym Buchenwald. Był tam bity i torturowany, gdyż nie chciał oddawać czci swastyce, i próbował głosić Ewangelię, krzycząc przez okno swojej celi. Zmarł 18 lipca 1939 w wyniku wstrzyknięcia strofantyny do serca.