Rejestracja kandydatów Wielu czołowych członków rządzącej Gabońskiej Partii Demokratycznej (PDG) zadeklarowało chęć startu w wyborach. Do 4 lipca, kiedy upływał termin składania wniosków, 10 z nich stanęło do walki o partyjną nominację. Spośród kandydatów największe szanse miały 4 osoby: syn zmarłego prezydenta i minister obrony Ali Bongo Ondimba, premier Jean-Eyeghe Ndong, minister Casimir Oyé-Mba oraz wiceprzewodniczący Zgromadzenia Narodowego Daniel Ona Ondo. 6 lipca kandydaci zostali przesłuchani przez Biuro Polityczne partii. 16 lipca 2009 wicesekretarz PDG ogłosił, że kandydatem w wyborach prezydenckich został wybrany Ali Bongo Ondimba. 19 lipca 2009 decyzja ta została oficjalnie zatwierdzona w czasie nadzwyczajnego kongresu PDG.
Część z pozostałych nominatów nie pogodziła się z decyzją partii i postanowiła wystartować jako kandydaci niezależni. 17 lipca 2009 premier Ndong ogłosił rezygnację z zajmowanego stanowiska i zapowiedział start w wyborach prezydenckich jako kandydat niezależny. Oświadczył, że powziął tę decyzję ze względu na nieposzanowanie właściwych procedur wyborczych wewnątrz PDG oraz brak prawdziwego konsensusu wokół osoby Bongo.