Powrót do Swansea City Do gry po kontuzji powrócił w grudniu. Jego zespół do końca sezonu walczył o miejsce dające grę w barażach o Premier League. Swansea City się to nie udało, zaś sam Allen otrzymał tytuł najlepszego gracza klubu młodego pokolenia. W czerwcu 2009 roku podpisał nowy kontrakt z zespołem, wiążący go do 2012 roku.
Po trapiącym go kontuzjami sezonie 2009/10, Allen powrócił do regularnej gry na początku sezonu 2010/11. Imponujące występy sprawiły, że menedżer Brendan Rodgers zdecydował się wystawić go od pierwszych minut w derbach Południowej Walii w listopadzie 2010. Allen został wybrany najlepszym graczem tego meczu. Razem ze swoją drużyną awansował do Premier League po barażach.
Kilka dni przed rozpoczęciem sezonu 2011/12 podpisał czteroletni kontrakt z walijskim zespołem.
Liverpool F.C. 10 sierpnia 2012 roku podpisał kontrakt z Liverpoolem. 18 sierpnia 2012 roku zadebiutował w lidze w barwach klubu, w przegranym wyjazdowym meczu z West Bromwich Albion. Tydzień później wystąpił przeciwko Manchesterowi City i został wybrany przez fanów i dziennikarzy piłkarzem meczu.
Kariera reprezentacyjna Joe Allen wystąpił 10 razy oraz zdobył jedną bramkę w reprezentacji Walii do lat 17, czterokrotnie grał w kadrze U-19.