Po 1989 Wraz z końcem obowiązywania rozkładu zima 1993/1994, 29 maja 1994 zawieszono przewozy pasażerskie na trasie Pruszcz Gdański – Kartuzy. Późniejsza zastępcza komunikacja autobusowa przewidywała w Starej Pile dwa postoje, gdyż autobus wjeżdżał jeszcze do Niestępowa. W 1997 zawieszono również przewozy towarowe na odcinku Stara Piła – Kartuzy, przez co znacznie spadło znaczenie stacji. Do 2005, kiedy w rejonie Kolbud rozmiękł nasyp uniemożliwiając przejazd jakichkolwiek pociągów, przez stację przebiegała kolejowa obwodnica Gdańska, pozwalająca na przejazd z portów i północnej części Kaszub do Pruszcza i dalej na południe z pominięciem GdańskaWśród gdańskich stacji przejeżdżało się tylko przez mało obciążony Gdańsk Osową, mijało się za to między innymi Gdańsk Główny, w którym ze względu na większą niż obecnie ilość pociągów SKM jadących na południe od Gdańska po linii nr 9 przejazd był trudniejszy. W tym samym czasie otwarto ponownie ruch towarowy na odcinku Stara Piła – Kartuzy. W 2003 otwarto linię Pruszcz Gdański – Stara Piła dla ruchu drezynowego.
W 2023 roku odbudowano stację Stara Piła w ramach bajpasu kartuskiego realizowanego przez PKP PLK.