Z 1375 roku pochodzi wiadomość o biskupie kijowskim Jakubie, rezydującym w ormiańskim klasztorze przy kościele św. Jana. Dane te wskazują, że kościół św. Jana powstał przypuszczalnie między rokiem 1363 a 1371. Półkoliste łuki na elewacjach (zrekonstruowane w latach 80. XX wieku na wzór wcześniej istniejących) także wskazują na związki kościoła z architekturą ormiańską. Dodatkowo na jednym z ciosów elewacji wschodniej zachował się ormiański krzyż wotywny, mający analogię w katedrze ormiańskiej we Lwowie. Wskazane dokumenty także potwierdzają XIV wieczną metrykę świątyni, co uzyskało potwierdzenie podczas badań architektonicznych. Kościół znajdował się poza murami miejskimi na terenie dzielnicy ormiańskiej.
W 1405 roku jako posiadacz wsi Hodowica występuje oficjał Jakub, rektor szpitala św. Ducha we Lwowie. W 1415 roku kościół stanowił prebendę kanonika kapituły łacińskiej, a okolica kościoła zamieszkana przez Ormian została przekształcona w jurydykę, którą król Władysław Jagiełło przeniósł na prawo ormiańskie. Kościół św. Jana Chrzciciela uzyskał status prepozytury, którą w 1415 arcybiskup lwowski, Jan Rzeszowski wcielił do kapituły metropolitalnej, nadając jednocześnie status prebendy. W 1427 roku ormiańscy bracia z klasztoru św. Mikołaja w Kaffie wystąpili do papieża z supliką w sprawie zwrotu kościoła św.