Założenie, realizowane na peryferiach podkrakowskiego Kleparza zaplanowano z dużym rozmachem. Miało tu mieszkać 30 mnichów wraz z liczną służbą. Śmierć Jadwigi (1399) spowodowała, że projekt pozostał niedokończony. Z planowanego kościoła (mającego pierwotnie nosić wezwanie Męki Pańskiej, szybko przeformułowane na wezwanie Krzyża Świętego) zbudowano tylko zakrystię i prezbiterium, zakonników przybyło mniej niż zakładano, programu misyjnego nie realizowano, założenie wegetowało.
Zakonnicy benedyktyńscy dotrwali na Kleparzu do ok. 1470. W 1505 król Aleksander Jagiellończyk oddał założenie pod opiekę pobliskiej kolegiaty św. Floriana i odtąd zaczął on być zarządzany przez jednego z jej wikariuszy (zapewne była to rekompensata za nieruchomości kościoła odebrane mu w związku z budową Barbakanu). Najprawdopodobniej spłonął w pożarze Kleparza w 1528. W aktach wizytacji biskupiej z 1599 opisywany jest jako murowana kaplica o czterech oknach i jednym ołtarzu, zaniedbana i pozbawiona opieki. Ten budynek został zniszczony podczas potopu szwedzkiego: spalony w 1655 podczas oblężenia Krakowa przez Szwedów i rozebrany w kolejnym roku.