Struktura organizacyjna Biblioteka Uniwersytecka w Poznaniu tworzy system biblioteczno-informacyjny razem z bibliotekami jednostek organizacyjnych Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Od 2024 roku bibliotekę tworzy VII oddziałów, sekcje, pracownie, takie jak: Oddział Gromadzenia i Opracowania Zbiorów, Oddział Przechowywania i Kontroli Zasobu, Sekcja Kontroli Zasobu, Sekcja Przechowywania Zbiorów, Oddział Udostępniania, Sekcja Czytelń, Sekcja Wypożyczeń, Oddział Informacji i Transferu Wiedzy, Oddział Zbiorów Specjalnych, Pracownia Dokumentów Życia Społecznego, Pracownia Komiksu, Pracownia Regionalnego Zasobu Bibliotecznego, Pracownia Rękopisów, Pracownia Starych Druków, Pracownia Zbiorów Ikonograficznych. Pracownia Zbiorów Kartograficznych, Pracownia Zbiorów Masońskich, Pracownia Zbiorów Muzycznych, Archiwum Biblioteki Uniwersyteckiej, Oddział Ochrony Zbiorów, Pracownia Digitalizacji, Pracownia Restauracji Książki, Oddział Informatyzacji. Biblioteka prowadzi introligatornię.