Po czterech tygodniach Szkot zdobył swoją debiutancką bramkę w nowych barwach w wyjazdowym spotkaniu z Wycombe Wanderers wygranym przez Wigan 2-1.
W trakcie swojej kariery na angielskich boiskach, McCulloch był próbowany w roli lewego pomocnika i cofniętego napastnika. W trakcie sezonu 2005/06, pierwszego w najwyższej klasie rozgrywkowej, dobra gra McCullocha (5 bramek w 30 występach), występującego najczęściej na lewym skrzydle, pomogła drużynie zająć wysokie, 10. miejsce w tabeli. Szkocki pomocnik wystąpił również w finałowym meczu o Puchar Ligi Angielskiej przegranym przez Wigan 0-4 z Manchesterem United.
W styczniu 2007 r. McCulloch przyciągnął zainteresowanie Rangers. Oferta 750 000 funtów została szybko odrzucona i uznana za "śmieszną". W maju tego samego roku Lee stwierdził, że powrót do Szkocji byłby dla niego "prawdziwą rozkoszą". Nowy menedżer Wigan wyraził zgodę na transfer, a 23 czerwca The Gers zaoferowali 1,5 mln funtów. Ta oferta także została odrzucona – włodarze angielskiego klubu żądali 2,5 mln za zawodnika, który zagrał w 241 meczach i strzelił 46 bramek.