Nękała też samotność, której nie stłumił stały partner poety Aubrey Johnson (określany w dzienniku jako „najdroższa osoba”Jan Lechoń: Dziennik. Tom III. Warszawa, PIW, 1993, indeks nazwisk – s. 901–902 (blisko 100 adnotacji w tekście dziennika)). Za radą psychiatry Lechoń zaczął systematycznie pisać dziennik: pierwszy zapis jest z 30 sierpnia 1949, a ostatni z 30 maja 1956, na 9 dni przed śmiercią. Miał być to lek na nerwicę poety, jednak nie pomógł.
Samobójstwo 8 czerwca 1956 roku, prawdopodobnie po kłótni ze swoim kochankiem, Lechoń podjął drugą w życiu próbę samobójczą, tym razem skuteczną. Zginął skacząc z dwunastego piętra hotelu Hudson. Jako motyw podawano poufnie „zaszczucie ze strony środowiska polonijnego” potęgujące depresję. Według jednej z hipotez miał być represjonowany przez niektórych tamtejszych Polaków za swą orientację homoseksualnąRoman Loth: Ostatnie dzieło Jana Lechonia. Wstęp do: Jan Lechoń: Dziennik. Tom I. Warszawa, PIW, 1992. Skrywaną orientację Lechonia znał, sam biseksualny, Jarosław Iwaszkiewicz, pisała o niej również w swoich pamiętnikach Anna Iwaszkiewiczowa. Pełne, niezawoalowane szczegóły z życia Lechonia zawarte zostały również w książce Józefa Adama Kosińskiego Album rodzinne Jana Lechonia.