Wkrótce na półwyspie Izu Yamabe z majorem Tadą odkrywają tunel do jaskini, gdzie znajduje się hologram królowy Kilaaków. Oznajmia on, że ich baza znajduje się w Fudżi i każdy sprzeciwiający się inwazji zostanie zabity. Na Wyspie Potworów naukowcom udaje się zlokalizować na Księżycu główne urządzenie kontrolne, więc załoga Moonlight SY-3 zostaje tam wysłana. Tam, w księżycowej bazie Kilaaków po wymianie ognia główne urządzenie do kontroli umysłu zostaje zniszczone i zostaje odkryty słaby punkt kosmitów – niskie temperatury.
Potwory są wyjęte spod kontroli Kilaaków i zapada decyzja, by wojska zaatakowały ich bazę koło góry Fudżi. Królowa Kilaaków czując, że inwazja nie dojdzie do skutku wysyła Króla Ghidorę. Kosmiczny smok przybywa na Ziemię i atakuje wszystkie potwory zgromadzone przy górze Fudżi. Godzilla, Anguirus, Gorozaur, Mothra, Kumonga i Rodan przeprowadzają kontratak, podczas gdy Minya, Manda, Varan i Baragon spoglądają z daleka. Po zażartej bitwie Król Ghidora zostaje pobity na śmierć przez potwory, a jego zwłoki przykryte przez sieci Mothry i Kumongi. Kilaakowie wypuszczają własnego potwora, Ognistego Smoka, który skutecznie terroryzuje potwory i wojska. Jednak Godzilli udaje się zniszczyć bazę Kilaaków doszczętnie, powodując reakcję łańcuchową konsumując bazę i martwego Ghidorę w głąb ziemi.