21 stycznia 1949 roku Czang zrezygnował z funkcji prezydenta Republiki, przekazując to stanowisko Li Zongrenowi. Li zaproponował komunistom porozumienie, jednocześnie znosząc stan wyjątkowy, zwalniając więźniów politycznych i rozwiązując tajną policję. Z rozkazu Li przerwano działania wojenne, a w Nankinie utworzono Komitet na Rzecz Pokoju. 24 kwietnia 1949 Chińska Armia Ludowo-Wyzwoleńcza wkroczyła do porzuconego przez siły Kuomintangu stołecznego Nankinu, a w miesiąc później w podobnych okolicznościach do Szanghaju. Li wraz z rządem republikańskim przeniósł się do Kantonu.
Po upadku Kantonu w listopadzie 1949 Czang sformował nowy rząd w Chongqingu, natomiast wciąż formalnie będący prezydentem Li udał się Stanów Zjednoczonych, oficjalnie na leczenie. Podczas pobytu w USA Li prowadził kampanię przeciwko Czangowi, w czym miał zapewnione poparcie CIA i sekretarza stanu Marshalla. Ostatecznie rząd amerykański nie udzielił reżimowi Kuomintangu żadnej pomocy. W międzyczasie w grudniu 1949 roku Czang wraz z ostatnimi siłami nacjonalistycznymi wycofał się na Tajwan.
Po przybyciu na Tajwan Li został decyzją parlamentu złożony 1 marca 1950 z urzędu pod zarzutem dezercji, a funkcję prezydenta ponownie objął Czang Kaj-szek.