W grudniu 1989, po ogłoszeniu amnestii politycznej przez reżim Kérékou, wrócił do Beninu. W lutym 1990 wziął udział w Konferencji Narodowej na temat ustanowienia w kraju rządów demokratycznych i wprowadzenia systemu wielopartyjnego. W marcu 1990 powołał do życia Demokratyczną Partię Odnowy (PRD). W styczniu 1991 został wybranym deputowanym do Zgromadzenia Narodowego. W marcu 1991 objął stanowisko przewodniczącego parlamentu, które zajmował do marca 1995.
10 marca 1991 wziął udział w pierwszych wolnych wyborach prezydenckich w Beninie. Zajął w nich piąte miejsce, z wynikiem 4,54% głosów. W marcu 1995 został ponownie wybrany do parlamentu. 3 marca 1996 po raz drugi wziął udział w wyborach prezydenckich, zajmując trzecie miejsce z wynikiem 19,71% głosów. W drugiej turze wyborów poparł Mathieu Kérékou, który ostatecznie wygrał wybory. W zamian za poparcie, prezydent w kwietniu 1996 mianował go na specjalnie utworzone stanowisko premiera Beninu. Po dwóch latach, w maju 1998 Houngbédji zrezygnował z funkcji i odszedł z rządu wraz z trzema innymi ministrami z PRD. Po jego rezygnacji stanowisko premiera zostało zniesione, a on sam znalazł się w szeregach opozycji. W marcu 1999 po raz trzeci uzyskał reelekcję w parlamencie. 29 kwietnia 1999 został po raz drugi wybrany przewodniczącym Zgromadzenia Narodowego.