Pozostałości miały zostać wykorzystane do odbudowy świątyni, zostały one rozebrane i wywiezione do Nadwiślańskiego Parku Etnograficznego w Wygiełzowie, gdzie posłużył do naprawy różnych obiektów, należących do ekspozycji tego skansenu, sam kościół nie został odbudowany, ponadto został skreślony z rejestru zabytków.
Wyposażenie mały|lewo|Wnętrze kościoła po przekształceniu w mauzoleum Pierwotne wyposażenie pochodziło z lat 80. XVI wieku. W połowie XVII wieku w kościele pojawiły się nowe ołtarze ufundowane przez rodzinę Wołczyńskich, właścicieli Mikulczyc. Ołtarz główny zawierał cudowny obraz Matki Boskiej oraz obraz św. Wawrzyńca i figura św. Michała Archanioła. Ołtarze boczne prawy i lewy były poświęcone kolejno świętej Barbarze oraz świętemu Józefowi i, wraz z ołtarzem głównym, były bogato zdobione motywami roślinnymi.
Po utworzeniu w kościele muzeum umieszczono tam drewniany model kościoła św. Trójcy zburzonego w 1878 roku, obrazy kościołów św. Trójcy i św. Małgorzaty, płytę marmurową burmistrza Jakuba Dłuhinikla z 1637 roku, obraz Matki Boskiej Bolesnej z XVIII wieku oraz figury apostołów, chorągwie i baldachim pochodzące z kościoła św.