Większość bitew prowadzona była przez małe mobilne jednostki, które zostały oznaczone jako grupa „A” – dowodzona przez Stevena Kashaka, grupa „B” dowodzona przez Joram Mugume i grupa „C” pod dowództwem Pecos Kuteesa. Naczelnym dowódcą tych sił był Fred Rwigyema, wspierany przez Salim Saleh, brata Museveni’ego. Dodatkowo istniały jeszcze trzy małe strefowe oddziały – Lutta o okolicy Kapeeka, Kabalega na obszarach położonych blisko Kiwoko i Nkrumah działająca niedaleko Ssingo.

Prawa człowieka Siły UNLA starając się zniszczyć NRA, powodowały znaczne straty wśród ludności cywilnej w regionach dotkniętych rebelią. Żołnierze UNLA składający się z ludów Aczoli i Lango, prowadzili działania podobne do tych jakie stosował dyktator, choć same przeżyły czystki Amina w północnej Ugandzie. Na początku 1983 roku, w celu wyeliminowania na obszarach wiejskich wsparcia dla partyzantów Museveni’ego, zmuszono prawie 750 000 osób do masowej deportacji z regionu Luwero. Obozy dla uchodźców były objęte kontrolą wojskową, a wielu przypadkach dochodziło w nich do łamania praw człowieka.

NRA popełniał podobne zbrodnie, w tym stosował miny przeciwpiechotne przeciwko ludności cywilnej.