Włókien pochodzących z komory lewej i prawej nie można od siebie w prosty sposób oddzielić. Największą grubość osiąga ona w dolnej swej części, jest to 1,0–1,5 cm. Gdzie indziej przegroda jest mniej gruba. Część błoniasta (), zwana również w źródłach anglojęzycznych „bezbronną” () jest znacznie mniejsza i lokuje się w górnej części przegrody międzykomorowej, poniżej zastawki aorty, najczęściej między płatkami tylnym i prawym, przyjmując kształt owalny czy okrągławy, wydłużony w kierunku przednio-tylnym, a niekiedy trójkątny z podstawą skierowaną ku dołowi. Można podzielić ją na część górną, tworzącą właściwie przegrodę przedsionkowo-komorową, jako że sąsiadującą z przedsionkiem prawym, i dolną. Nie ma tam tkanki mięśniowej, zamiast niej znajduje się tam tkanka łączna sprężysta, którą z obu stron pokrywa wsierdzie. Wielkość jej nie jest stała, powierzchnia zazwyczaj jest mniejsza od 1 cm². Grubość zawiera się między 1 a 1,5 mm. Do części błoniastej czepia się płatek przegrodowy zastawki trójdzielnej. W lewej komorze widać granicę pomiędzy częścią mięśniową i błoniastą przegrody w postaci fałdzika () o łukowatym przebiegu.
Człowiek patrzący na serce od zewnątrz dostrzeże w miejscu przegrody tylko bruzdy międzykomorową przednią czy też tylną.