W 1950 samorządowe dotąd uzdrowisko zostało upaństwowione i przejęte wraz z sanatorium ZUS przez Centralny Zarząd Uzdrowisk Polskich. Sezon kuracyjny wydłużono do całego roku, a działalność poszerzono o usługi profilaktyczne i rehabilitacyjne. Inowrocław był jednym z pierwszych uzdrowisk w kraju, które wprowadziło gimnastykę leczniczą pod kierunkiem instruktora wychowania fizycznego. Większość kuracjuszy rekrutowała się spośród osób zatrudnionych w warunkach uciążliwych dla zdrowia. W 1956 odsłonięto pomnik założyciela uzdrowiska Zygmunta Wilkońskiego w miejscu zniszczonego przez hitlerowców monumentu z 1937 roku.
W 1952 roku Instytut Balneoklimatyczny w Poznaniu utworzył w sanatorium ZUS oddział kliniczny z kierunkami: reumatologicznym i gastrologicznymbadania nad właściwościami i skutecznością solanki gorzkiej w leczeniu chorób przewodu pokarmowego doprowadziło do wprowadzenia w 1972 leku do aptek w całej Polsce. W 1956 powstało pierwsze w kraju Sanatorium Geriatryczne pod kierunkiem dr Bogdana Snarskiego. W 1963 ukazała się monografia „Inowrocław-Zdrój” prof. dra med. Juliana Papierkowskiego z Warszawy, a w latach 1967, 1969 i 1972 wydano trzy tomy „Informatora Naukowego Uzdrowiska Inowrocław”, gdzie publikowano artykuły lekarzy prowadzących tu badania naukowe.