Po upadku Chanatu W 1774 roku, w wyniku podpisanych porozumień pomiędzy Rosją a Turcją (Traktat w Küczük Kajnardży), Chanat krymski stał się w zasadzie rosyjskim protektoratem. W 1783 roku Rosja zaanektowała Krym. Ostatni chan Şahin Girej opuścił pałac i udał się na emigrację. Kompleks przeszedł na własność rosyjskiego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, w której pozostawał do 1917 roku. Pałac był wtedy w zasadzie niedostępny, ponieważ był odwiedzany przez członków rodziny carskiej. 20 maja 1787 roku odwiedziła go Katarzyna II Wielka. Przebywała w nim trzy dni. W związku z jej przyjazdem przebudowano część pałacu i sprowadzono meble oraz dzieła sztuki z Rosji. W późniejszych latach w pałacu bywali też inni członkowie rodziny carskiej. Między innymi w 1818 roku Aleksander I Romanow, w 1837 roku Aleksander II Romanow, a także Mikołaj II Romanow. W okresie wojny krymskiej (1854–1855) w pałacu znajdował się szpital polowy, w którym częste wizyty składał Nikołaj Pirogow.