Premierem Iranu został w 1965, po tym, gdy szef rządu Hasan Ali Mansur został śmiertelnie ranny w zamachu zorganizowanym przez Fedainów Islamu. Po Mansurze, którego był protegowanym i szwagrem, został również przewodniczącym partii Nowy Iran. Rywalizował o wpływy na dworze szacha Mohammada Rezy Pahlawiego z frakcją, której przewodził Asadollah AlamM. Axworthy, Revolutionary..., s. 87.. W 1975 na rozkaz szacha stanął na czele jedynej legalnej odtąd w kraju partii Odrodzenie, zaś partia Nowy Iran została rozwiązanaE. Abrahamian, Historia..., s. 198–199..
W 1977 szach pozbawił go stanowiska premiera w związku z problemami gospodarczymi kraju. Nowym premierem został Dżamszid Amuzegar, zaś Howejdzie powierzono urząd ministra dworuM. Axworthy, Revolutionary..., s. 98.. Zmianę tę interpretowano jako sygnał liberalizacji rządówM. Axworthy, Revolutionary..., s. 99.. Według innej interpretacji odejście Howejdy ze stanowiska szefa rządu było gestem w stronę religijnej (szyickiej) opozycji, która oskarżyła go niesłusznie o tajne praktykowanie bahaizmu. W listopadzie 1978 Howejda został aresztowany na rozkaz szacha, który zamierzał w ten sposób odciąć się od swojej dawnej polityki, by ratować swoją władzę w obliczu masowych protestów. W momencie zwycięstwa rewolucji islamskiej były premier znajdował się w więzieniu SAWAK-u.