sam Kony służył jako ministrant przez kilka lat. Przestał uczęszczać do kościoła w wieku 15 lat.
O Konym po raz pierwszy stało się głośno w styczniu 1987 roku. Jego grupa premillenarystyczna była jedną z wielu, które ruszyły w ślad za popularnym Ruchem Ducha Świętego Alice Aumy. Jednak sam konflikt w północnej Ugandzie rozpoczął się od obalenia prezydenta Tito Okello z plemienia Acholi, w czasie wojny domowej. Dojście do władzy Narodowej Armii Oporu (NRA) wraz z nowym prezydentem Yoweri Museveni, pochodzącym z południowego plemienia Nkole należącego do rodziny ludów Bantu wywołało zaniepokojenie Acholi, którzy korzystając z uprzywilejowanej pozycji podczas rządów Okello dokonywali licznych pogromów na południu. Część wojskowych i dygnitarzy, którzy uciekali z kraju w obawie przed nowymi władzami, zasiliła szeregi opozycji.
Pierwotnie grupa Kony'ego nosiła nazwę „United Holy Salvation Army” (UHSA) i nie była postrzegana przez NRA jako zagrożenie. W 1988 roku, UHSA rozpoczęła rekrutować pozostałych członków Armii Ludowo-Demokratycznej Ugandy (UPDA) oraz przymusowo wcielać dzieci do armii, przekształcając się w znaczącą armię rebeliancką. Podczas porwania często zabijano rodzinę i sąsiadów dzieci.