Początkowo służbę duszpasterską pełnili tutaj księża z parafii św. Michała Archanioła z Zebrzydowic. W 1911 został mianowany pierwszy katecheta szkolny rezydujący w Kalwarii Zebrzydowskiej. 11 października 1942 roku została erygowana parafia pw. św. Józefa.
W latach 2007–2010 trwał remont zabytkowej plebanii, która wymagała natychmiastowego remontu. Co drugą niedzielę wierni składali na składkę ofiarę na ten cel.
W 2012 duszpasterze wraz z wiernymi rozpoczęli działania remontowe w kościele parafialnym m.in.: przed zimą 2012 zainstalowano ogrzewanie gazowe.
11 listopada 2020 roku papież Franciszek ogłosił, iż ks. Robert Chrząszcz pochodzący z Kalwarii Zebrzydowskiej został mianowany biskupem pomocniczym Archidiecezji Krakowskiej.
Grupy parafialne Parafialny Klub Sportowy św. Józef Ruch Światło-Życie Krąg Rodzin Nazaretańskich Akcja Katolicka Służba Liturgiczna
Zasięg parafii Bugaj Kalwaryjski Kalwaria Zebrzydowska
Proboszczowie