W okresie panowania dynastii Jagiellonów, opactwo było najważniejszym sanktuarium religijnym w Królestwie Polskim. Siedmiokrotnie odwiedzał je Władysław Jagiełło (m.in. w drodze na koronację w Krakowie oraz w drodze pod Grunwald), dziesięciokrotnie przebywał w klasztorze król Kazimierz Jagiellończyk, sześciokrotnie król Zygmunt Stary, trzykrotnie król Zygmunt August.
W 1643 roku opat Stanisław Sierakowski rozpoczął przebudowę kościoła, dodając do fasady gotyckiego korpusu dwie barokowe wieże, wczesnobarokową kamieniarkę odrzwi i okien o wysokim poziomie artystycznymAdam Miłobędzki. Architektura polska XVII wieku, PWN, Warszawa 1980, s. 343. i od południa kaplicę Matki Boskiej Bolesnej. W 1655 roku, na początku „potopu szwedzkiego”, kościół złupili Szwedzi, którzy wymordowali część zakonników. Dnia 22 marca 1661 roku, jak podawała najstarsza polska gazeta „Merkuriusz Polski Ordynaryjny”, król polski Jan II Kazimierz Waza wraz z małżonką oraz dworem zmierzając do Warszawy wstąpił do sanktuarium.
W październiku 1777 roku gotycko-barokowy kościół i klasztor spłonęły w pożarze. Wkrótce przystąpiono do budowy trzeciego kościoła w stylu barokowo-klasycystycznym. Świątynię wybudowaną w latach 1781–1789 konsekrowano w