W większości manuskryptów hebrajskich Księga Daniela znajduje się pomiędzy Księgą Estery a księgami Ezdrasza i Nehemiasza, a w nielicznych przed Księgą Estery.
Pomimo włączenia Księgi Daniela do Pism, już w starożytności była uważana za pismo prorockie, a sam Daniel był określany mianem proroka. Za proroka uważa Daniela m.in. Józef Flawiusz. Prawdopodobnie z tego względu w Biblii Greckiej księga została zaliczona do proroków większych. W większości rękopisów greckich jest umieszczona po Księdze Ezechiela, ale wcale nierzadko przed Księgą Ezechiela, a nawet przed Księgą Izajasza. W Wulgacie oraz we współczesnych edycjach Biblii jest umieszczana po Księdze Ezechiela, a przed dwunastoma prorokami mniejszymi.
Rękopisy thumb|Trzej młodzieńcy w piecu ognistym, XII-XIII wiek Podstawą większości współczesnych edycji Księgi Daniela jest tekst masorecki (TM) wydany w oparciu o pochodzący z lat 1008–1009 po Chr. Kodeks Leningradzki. W Kumran odkryto osiem fragmentarycznie zachowanych manuskryptów Księgi Daniela pochodzących z czasów, kiedy powstała ostateczna redakcja księgi – najstarszy z końca II wieku p.n.e..