Okres radości z powodu uchwalenia prawa dla miast i Konstytucji 3 Maja skończył się wraz z II rozbiorem Polski (1793) i wkroczeniem do Pobiedzisk wojsk pruskich. Z dokonanego przez nowe władze spisu wynika, że w mieście było 156 domów, w których mieszkało 791 osób. Funkcjonowało między innymi 106 warsztatów rzemieślniczych, 2 gospody z zajazdami, 3 młyny wodne oraz 2 szkoły. Wszystkie ulice były brukowane, a władze miejskie reprezentowało 11 urzędników. Ludność Pobiedzisk w latach niewoli walczyła o zachowanie polskości, podejmując różnorodne inicjatywy. Należy zaliczyć do nich założenie w 1866 roku przez Maksymiliana Jackowskiego Kółka Rolniczego w Pobiedziskach, którego głównym celem było upowszechnianie wiedzy rolniczej i udzielanie pomocy małym gospodarstwom rolnym, założenie w 1908 roku Spółdzielni Rolniczo-Handlowej Rolnik i powstanie w 1905 roku Banku Ludowego. Oprócz tego aktywną działalność prowadziły towarzystwa patriotyczne, np. Towarzystwo Gimnastyczne Sokół, Towarzystwo Czytelni Ludowych, Koło Śpiewacze im. B. Dembińskiego, Katolickie Towarzystwo Robotników i Towarzystwo Przemysłowców.