Oszast – pow. 47,3 ha, buczyna karpacka z okazałymi egzemplarzami jodeł, świerków, buków i jaworów; Pilsko – pow. 103,9 ha (połączone dawne rezerwaty Pilsko i Pięć Kopców), sąsiadujący ze słowackim rezerwatem o tej samej nazwie (pow. 810 ha), górnoreglowy bór świerkowy w szczytowej partii góry, zarośla kosodrzewiny, zbiorowiska krzewinkowe z rzadkimi gatunkami flory; Pod Rysianką – pow. 27,5 ha, dolnoreglowy las jodłowo-świerkowo-bukowy w źródliskowej części potoku Sopotnia Wielka; Romanka – pow. 98,5 ha, najlepiej zachowany poza Babią Górą i Pilskiem starodrzew regla górnego w wieku ok. 250 lat; Śrubita – w grupie Wielkiej Raczy, pow. 25 ha, najstarszy rezerwat w parku, pierwotny drzewostan świerkowo-bukowo-jodłowy; Butorza – w zachodniej partii parku, w pobliżu Zwardonia, pow. 30,7 ha, dolnoreglowy bór świerkowy; Dziobaki – północno-zachodni stok Wielkiej Rycerzowej, pow. 13,1 ha, las świerkowo-bukowo-jodłowy oraz bagienna olszyna górska; Gawroniec – pow. 23,7 ha, w północnej części parku, naturalny las liściasty – buczyna karpacka z płatami olszyny karpackiej; Muńcoł – pow.