kluby ligi Major League Soccer – Kansas City Wizards i San Jose Clash oraz przegrywając w półfinale pucharu z DC United wynikiem 1:2 – dojście do półfinału Pucharu Stanów Zjednoczonych stanowi jak dotychczas najwyższe osiągnięcie klubu1997 US Open Cup results, thecup.us, [dostęp 2022-01-02].. W tym samym roku zdobył również mistrzostwo konferencji WestUSISL D3-Pro League (Division 3), archive.wikiwix.com, [dostęp 2022-01-02]..
W 1998 drużyna awansowała do amerykańsko-kanadyjskiej ligi A-League. W 2000 ponownie zmieniono nazwę drużyny na Bay Area Seals, jednak jeszcze tego samego roku klub uległ rozwiązaniuHistory of the San Francisco Seals & SFUSC, oursfseals.com, [dostęp 2022-01-02]..
W 2006 reaktywowano drużynę pod nazwą San Francisco Seals, która weszła w skład ligi Premier Development League (PDL)The San Francisco Seals January 17, 2006, leaguelineup.com, [dostęp 2022-01-02]., jednak w grudniu 2008 władze klubu z powodu trudności finansowych zrezygnowały z występów w kolejnym sezonie PDL (2009)PDL 2009 season details announced, leaguelineup.com, [dostęp 2022-01-02]..