Kiedy w 1959 r. podjęto organizację Kliniki Chorób Zakaźnych AMB, a w 1960 r. jej oficjalne powołanie prof. Czesław Jeżyna wówczas jako jedyny asystent brał czynny udział w jej organizacji. Bogaty w wiedzę zdobytą w Zakładzie Mikrobiologii AMB kierowanym przez profesora Stanisława Legeżyńskiego jest jednym z głównych organizatorów służb przeciwepidemicznych województwa białostockiego. Był to okres kiedy dur brzuszny, plamiasty, czerwonka bakteryjna była codziennością i nierzadko przyczyną zgonów.
W tym też okresie razem z prof. Piotrem Boroniem jest współzałożycielem Polskiego Towarzystwa Epidemiologów i Lekarzy Chorób Zakaźnych w Białymstoku, którego okresowo był sekretarzem i przewodniczącym.
Zaniedbane pod względem sanitarnym i zdrowotnym północne tereny województwa białostockiego ze swoimi deficytowymi PGR-ami, a za to z licznymi chorobami odzwierzęcymi stanowią szczególne zainteresowanie prof. Cz. Jeżyny w niesieniu pomocy zamieszkałej tam ludności. Wraz z prof. P. Boroniem organizował obozy naukowo-szkoleniowe, w których wraz ze studentami AM i lekarzami zakaźnikami, brał czynny udział, niosąc pomoc medyczną. Z pracy tej wyłoniła się konkretna sytuacja – chorzy mogli być leczenie w ośrodku akademickim – bowiem w 1977 r. powołana została Klinika Chorób Zawodowych, której kierownictwo powierzono prof. Cz. Jeżynie.