Proces budowy kościoła został zakończony w 1994, kiedy arcybiskup Henryk Muszyński poświęcił kaplicę Chrystusa Ukrzyżowanego i Zmartwychwstałego. Odtąd działania twórcze i budowlane dotyczyły w coraz większym stopniu otoczenia świątyni, zwłaszcza wykorzystania Doliny Śmierci i postawionego tam pomnika do uroczystości religijnych i patriotycznych.
Świątynia ma od lat wyrazisty charakter. To naturalne miejsce spotkań kombatantów, rodzin poległych podczas II wojny światowej, osób, którym bliska jest tematyka martyrologii. Gromadzi też setki młodych, dzięki prężnej działalności Fundacji Wiatrak. W 2000 rozpoczęto budowę w sąsiedztwie kościoła Domu Jubileuszowego Centrum Kultury Katolickiej „Wiatrak”. Od 2001 z udziałem wspólnot z parafii organizowane jest misterium męki Pańskiej w Bydgoszczy.
Kościół, parafia, sanktuarium wraz z Doliną Śmierci, Kalwarią Bydgoską, Domem Jubileuszowym, fundacją „Wiatrak” oraz duszpasterstwem akademickim „Martyria” stanowi obecnie prężne centrum kulturalne i religijne obejmujące nie tylko dzielnicę Fordon, a również całe miasto.
25 marca 2014 biskup Jan Tyrawa ogłosił decyzję Stolicy Apostolskiej o wyniesieniu świątyni do godności bazyliki mniejszej.
Architektura Bryła świątyni prezentuje formę współczesną.